De la madre de Hipatia no se tiene ningún registro pero se sabe que su padre, a quien ella adoraba, fue Teón de Alejandría, quien era un ilustre filósofo y matemático de esa época y que fue el maestro de Hipatia desde que ella fuera pequeña. Realmente Teón era una excepción y permitió que su hija se convirtiera en astrónoma filósofa y matemática, cosa que era sumamente inusual en un sistema en el que las mujeres no tenían derecho a la educación y sus vidas transcurrían en los espacios privados de sus casas, sus familias, sus amigas y de "las tareas femeninas".
Teón quiso que Hipatia fuera, dicho en sus propias palabras: "un ser humano perfecto" y por ello vigiló muy de cerca la educación de su mente y de su cuerpo. Cuentan los biógrafos de Hipatia que desde muy temprano en la mañana ella dedicaba varias horas al ejercicio físico, después tomaba baños que la relajaban y le permitían concentrar la mente para dedicarse, el resto del día, al estudio de las ciencias, la música y la filosofía. Al parecer este riguroso entrenamiento consiguió su objetivo pues a decir de Sócrates Escolástico, historiador de Hipatia, 120 años después de su muerte: "la belleza, inteligencia y talento de esta gran mujer fueron legendarios, superó a su padre en todos los campos del saber, especialmente en la observación de los astros".
Teón trabajaba en el Museo, institución dedicada a la investigación y la enseñanza que había sido fundada por Tolomeo, emperador que sucedió a Alejandro Magno, fundador de la ciudad de Alejandría. El Museo tenía más de cien profesores que vivían ahí y muchos más que asistían periódicamente como invitados. Hipatia entró a estudiar con ellos y aunque viajó a Italia y Atenas para recibir algunos cursos de filosofía se formó como científica en el Museo y formó parte de él hasta su muerte, llegando incluso a dirigirlo alrededor del año 400.
Hipatia se dedicó, durante veinte años, a investigar y enseñar Matemáticas, Geometría, Astronomía, Lógica, Filosofía y Mecánica en el Museo, ocupaba la cátedra de Filosofía platónica por lo que sus amigos y compañeros la llamaban "la filósofa". Ganó tal reputación que al Museo asistían estudiantes de Europa, Asia y África a escuchar sus enseñanzas sobre "la Aritmética de Diofanto" y su casa se convirtió en un gran centro intelectual. Citando nuevamente a Sócrates Escolástico: "consiguió un grado tal de cultura que superó con mucho a todos los filósofos contemporáneos. Heredera de la escuela neoplatónica de Plotinio, explicaba todas las ciencias filosóficas a quien lo deseara. Con este motivo, quien deseaba pensar filosóficamente iba desde cualquier lugar hasta donde ella se encontraba... pero a más de saber filosofía era también una incansable trabajadora de las ciencias matemáticas"
Los cristianos quemaron y destruyeron todos los templos y centros griegos, persiguieron a todos los académicos del Museo obligándolos a convertirse al cristianismo si no querían morir. Hipatia se negó; se negó a convertirse al cristianismo, se negó a renunciar al conocimiento griego, a la filosofía y a la ciencia que por más de veinte años había aprendido y enseñado en el Museo. En la cuaresma, en marzo del 415, acusada de conspirar contra el patriarca cristiano de Alejandría, fue asesinada. Un grupo de cristianos enardecidos la encontraron en el centro de Alejandría y, dejando hablar a Sócrates Escolástico: "La arrancaron de su carruaje, la dejaron totalmente desnuda; le tasajearon la piel y las carnes con caracoles afilados, hasta que el aliento dejó su cuerpo..."
Al asesinar a Hipatia asesinaron a una mujer, a una matemática y filósofa, la primera en la historia y la más notable de su época; pero no pudieron asesinar el pensamiento filosófico y matemático griego.
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